В 1469 темурид Хусайн Байкара захватывает г. Хират и становится правителем Хорасана. С этого времени начинается новый этап в жизни Наваи. Он активно участвувает в политической жизьни страны. В этом же году правитель Хорасана назначает Наваи на должность хранителя печати государства (мухрдар). В 1472 году вазиром. Он при своей должности оказывает большую помощь культурной и научной интеллигенции страны. Становится хозяйином большого имущества. В 1480-годы за свой счет в Хирате и в других регионах страны строит несколько мадраса, 40 рабатов (остановка для путников) 17 масджидов, 10 суфийских приютов (ханаках), 9 баний, 9 мостов... Кроме того, он осуществляет много дел в пользу народу. Но положительная деятельность Наваи в благо народа не нравится окружению правителя из дворца. Они добиваются испортить отношение Наваи и Хусайна Байкара. Последний освобождает Наваи от занимаемой дожности и отправляет в 1487 г. в г. Астрабад в качестве его главы. Здесь он остается в течении двух годов и только после проведения данного срока Х. Байкара разрешает ему вернутся в Хират. И предлагает ему занять должность в правительстве. Но Наваи отказывается. Несмотря на это Х. Байкара дает ему должность приближенного султана-правителя («мукарраби хазрати султани»). По этой должности Наваи имел право участвовать в решении всех государственных дел (см.: Бартольд В.В. Сочинения. Том II(2). Москва, 1964).

С этого времени начинается новая эпоха в жизни поэта, он больше занимается творчеством. Основная часть его произведений созданы именно начиная с этого периода до конца его жизни. Наваи жил и творил в последнии годы правления тимуридов (1370-1506). Поэтому в его произведениях силен общественный дух, насущные проблемы эпохи. В 1490-1501 годы Наваи создал самые основные лирические, общественно-философские и научные произведения. Творчество Алишера Наваи и по объему огоромен. Объем шести его поэм составляют около 60 000 строк (мисра). В 1483-85 годы Наваи создал произведение «Хамса» («Пятерица»), состоящий из следущих поэм: «Хайрат ал-абрар»(«Смятение праведных»), «Фархад ва Ширин» («Фархад и Ширин»), «Лайли ва Мажнун», «Сабъаи сайяр»(«Семь планет»), «Садди Искандари» («Стена Искандара»). Они были созданы на основе традиции хамсаписания-создания пятерицы(пять поэм). «Хамса» Наваи является первым произведением в данном жанре созданный на тюркском языке. Он доказывает, что и на тюркском языке можно создать такое объемное произведение (см.: Бертельс Е.Э. Навои и Джами. Москва, 1965). И в действительности, Наваи стремится доказать, что и на чагатайском(староузбекском) языке можно создать произведение, которое может стоять на одном уровне с произведением из персидско-таджикской литературы. И он вполне доказывает это через свою пятерицу. Наваи пробует силы почти во всех распространенных жанрах литературы мусульманского Востока и показывает, что он имеет свой голос, стиль. В литературе Востока были созданы более 120 поэм на тему «Лайли и Мажнун». Наваи тоже создает поэму на эту тему со своим подходом (про это было написана монография профессора факультета узбекской филологии Ташкентского государственного университета Саиды Назруллаевой (1920-1988): «Назруллаева С. Тема «Лейли и Меджнун» в литературах народов советского Востока. Ташкент, 1983). В поэме описывается любовь между Лайли и Мажнун. Наваи через описания этого стремится выразить и интерпретировать человеческую и суфийскую любовь.

Свои суфийские взгляды Наваи выражает еще в поэмах «Фархад и Ширин», «Хайрат ал-абрар». Суфийская тематика в его поэмах поднимается на общефилософский уровень. Одновременно, в данных поэмах в повестку дня ставятся злободневные мирские проблемы через гуманистические взгляды поэта (см.: Эркинов С. Навоий «Фарход ва Ширин»и ва унинг киёсий тахлили. Тошкент, 1971(на узбекском языке). В двух других поэмах из «Хамса» Наваи – «Сабъаи сайяр» и «Садди Искандари» на первое место выходит проблемы связанные с правителем(см.: Каюмов А. Садди Искуандарий. Ташкент, 1980(на узбекском языке). Как известно, Наваи был близок ко двору тимуридов и имел возможность как-то повлиять на правителя и друга Хусайн Байкару. И поэтому в упомянутых поэмах Наваи выразил идеи предусмотренные к Х. Байкаре: непостоянность мира и царского трона; обязанности правителя в отношении к своему народу... В традиции хамсаписания «Хамса» Алишер Наваи отличается своей общественным и политическим характером, оригинальностью (см.: Алиев Г.Ю. Темы и сюжеты Низами в литературах народов Востока. Москва, 1985, 11). Абд ар-Рахман Джами (1414-1492) прочитав «Хамса» Наваи оценил его очень высоко (см.: Erkinov А. Laquerellesurl'ancienetlenouveaudanslesformeslitterairestraditionnelles. Remarques sur les positions de Jami et de Nava'i. In: Annali del'Istituto Universitario Orientale, vol. 59 (Napoli 1999), p.18-37).

По своему общественному и художественному значению «Хамса» Наваи имел большое место в Средней Азии. Её много переписывали (Алишер Навоий «Хамса»сининг кулёзмалари каталоги. Составители К. Муниров, М. Хакимов. Тошкент, 1986 (на узб. яз.). В настоящее время мы имеем много списков «Хамса» или отдельных поэм из неё. Только в фондах Институте востоковедения академии наук Республики Узбекистан им. Абу Райхан Бируни хранятся 166 рукописей, переписанных в XV-XX вв., и имеющих все пять или некоторые поэмы из пятерицы. Из них 84 списков имеют все пять поэм. Изучение распространение и количество списков «Хамса» Наваи показывает, что она имела особое место в интеллектуальной жизни Средней Азии (по этому вопросу вел исследование доцент факультета узбекской филологии Национального университета Узбекистана Афтандил Эркинов: Эркинов А.С. Источники интерпретации «Хамса» Алишера Наваи в XV-XX вв. Автореферат докторской диссертации. Ташкент, 1998; ErkinovA. LesmanuscritsduKhamsadeAliShirNavа’ietlavieculturelledukhanatdeBoukharasouslesMangits. Boukhara-la-Noble. In: Cahiers d’Asie centrale. №5-6. 1998. 169-180; Erkinov A. The perception of works by classical authors in 18th and 19th century Central Asia: The example of the Xamsa of Ali Sir Nawa’i. In: Muslim Culture in Russia and Central Asia from the 18th to the Early 20th Centuries. Vol. 2: Inter-Regional and Inter-Ethnic Relations. Ed. by A. v. Kuеgelgen, M. Kemper, A. Frank. Islamkundliche untersuchungen. Band. 216. Berlin.1998. 513-526).

А в поэме Наваи «Лисан ал-тайр» («Язык птиц»)(1499) были выражены квинтэсенция его общественно-философских взглядов, суфийские воззрения (см.: Бертельс Е.Э. Суфизм и суфийская литература. Москва, 1965).

В течении всей жизни Наваи создал огромное количество лирических произведений. Он в 1498 году окончил составление сборника всех его стихов, и создал четыре дивана-сборника под названием «Хазаин ал-маони» («Сокровищница мыслей»). Все стихи из данного сборника имеют объем более 50 000 строк. При этом Наваи написал стихи в 16 жанрах из существуюших 21 жанров литературы мусульманского Востока. Наваи собрал свои стихи, написанные на персидском языке, под названием «Дивани Фани». Он хотел соревноватся и с персидскими поэтами. Если посчитать только количество стихов написанных в жанре газал из вышеупомянутых сборников, то их объем составляет 3150 единиц. Можно утверждать, что Наваи имеет центральное место, хотя бы, количеством созданных им стихов. Кроме того, Наваи собрал свои касиды на персидском языке и созда два сборника: «Ситтаи зарурия» («Шесть необходимостей») ва «Фусули арбаа» («Четыре сезона года»).

Алишер Наваи через свою поэзию возвел узбекскую (чагатайскую) литературу в новый высокий ранг. Его лирика по общирности тематики и разнообразию жанров намного превосходит узбекскую литературу до него. Он и в лирике, как в поэмах, выразил актуальные мирские и духовные, суфийские вопросы (про это см. труды профессора Национального университета Узбекистана Батирхан Акрамова: Акрамов Б. Фасохат мулкининг сохибкирони. Тошкент, 1991(на узб. яз.).

После приобретения независимости Узбекистана (1991) произведения Наваи стали более общирна изучатся с точки зрении ислама и суфизма (см.: Комилов Н. Тасаввуф. Тошкент, 1996(на узб. яз.). Впервые были опубликованы религиозные произведения Наваи: «Арбаин» («Сорок четверостиший»), «Мунаджат» («Мольба к Богу»). Был опубликован более польный текст суфийского прозаического произведения «Насаим ал-мухаббат» («Дуновения любви»), где даются сведения о 750 суфийских шейхах.

Наваи создал и научные произведения. К их числу можно отнести произведения о сопоставлении персидских и тюркских языков «Мухакамат ал-лугатайн» («Спор двух языков»)(1499); по литературоведению «Маджалис ал-нафаис» («Собрание утонченных») (см.: Хайитметов А. Алишер Навоийнинг адабий-танкидий карашлари. Тошкент, 1959(на узб. яз.), по теории аруза «Мезан ал-авзан» («Весы размеров»), по теории жанра муамма (шарада) «Муфрадат». Кроме этого, он создал трактаты на историческую тематику «Тарихи мулуки Аджам» («История иранских царей»), «Тарихи анбия ва хукама» («История пророков и мудрецов»). Собрал свои художественные письма в сборник «Муншаат». Его мемуаристика: жизнеописание Абд Ар-Рахмана Джами - «Хамсат ал-мутахаййирин» («Пятерица смятенных») (1494), «Халати Саййид Хасан Ардашер» («Жизнеописание Саййид Хасан Ардашера»), «Халати Пахлаван Мухаммад» («Жизнеописание Пахлаван Мухаммада»). Самым последним произведением Наваи является «Махбуб ал-кулуб»(1500). В нем выражены его самые последние, наивысшие взгляды на общество и политику.

Как видно наследие Наваи по тематике и по жанру разнообразен. Его произведения с ХV и по сей день служат к развитию узбекской литературы. Веками его произведения являлись объектом подражания и воодушивления.

Этого можно наблюдать и в сотнях рукописях Наваи, переписанных в течении более 500 лет. Например, только в фонде №3 Института востоковедения АН Руз хранятся 254 рукописных списков 24 произведений Наваи (Хакимов М. Навоий асарлари кулёзмаларининг тавсифи. Тошкент, 1983 (на узб. яз.). В течении 1879-1917 годов произведения Наваи были напечатаны в 22 названиях в 18 литографиях Средней Азии более 70 раз (Алишер Навоий асарларининг тошбосма нашрлари тавсифи (каталог). Сост. Б. Касимханов. Тошкент, 1988 (на узб.яз.). Данные показатели являются одним из самыми высокими для поэта из тюркской литературной среды. Только один перечень переписчиков произведения Наваи может составлять брошюру (см.: Хакимов М. Навоий асарларини кучирган хаттотлар. Тошкент, 1991 (на узб. яз.). В 20 веке было опубликован 15 томов произведений Наваи на узбекском языке (Алишер Навоий. Асарлар. Тома 1-15, Тошкент, 1963-1968), на русском языке было издано 10 томов его произведений (Алишер Навои. Собрание сочинений в 10 томах. Ташкент, 1968-1970). С 1987 года началось издание его полного собрания сочинений в 20 томах (Алишер Навоий. Мукаммал асарлар туплами(в 20 томах), 1-18 томлар, Тошкент, 1987-2002).