Прошедшая весной этого года реформа Правительства привела к сокращению количества министерств и созданию так называемой трехуровневой системы исполнительной власти (министерство, служба, агентство). Теперь Правительство РФ состоит из Председателя, его заместителя, федеральных министерств, федеральных служб и федеральных агентств. Однако в структуре федеральных органов исполнительной власти существуют федеральные министерства, службы и агентства, руководство деятельностью которых осуществляет Президент Российской Федерации.
1. Федеральные министерства, федеральные службы и федеральные агентства, руководство деятельностью которых осуществляет Президент Российской Федерации, федеральные службы и агентства, подведомственные этим федеральным министерствам.
- Министерство внутренних дел Российской Федерации:
Федеральная миграционная служба.
- Министерство Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий;

- Министерство иностранных дел Российской Федерации.
- Министерство обороны Российской Федерации:
- Федеральная служба по военно-техническому сотрудничеству;
- Федеральная служба по оборонному заказу;
- Федеральная служба по техническому и экспортному контролю;
- Федеральное агентство специального строительства.
- Министерство юстиции Российской Федерации:
- Федеральная служба исполнения наказаний;
- Федеральная регистрационная служба;
- Федеральная служба судебных приставов.
- Государственная фельдъегерская служба Российской Федерации
- Служба внешней разведки Российской Федерации
- Федеральная служба безопасности Российской Федерации
- Федеральная служба Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков
- Федеральная служба охраны Российской Федерации
- Главное управление специальных программ Президента Российской Федерации (федеральное агентство)
- Управление делами Президента Российской Федерации (федеральное агентство)
2. Федеральные министерства, руководство которыми осуществляет Правительство Российской Федерации, федеральные службы и федеральные агентства, подведомственные этим федеральным министерствам.
- Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации:
- Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека;
- Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения и социального развития;
- Федеральная служба по труду и занятости;
- Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию;
- Федеральное агентство по физической культуре, спорту и туризму.
- Министерство культуры и массовых коммуникаций Российской Федерации:
- Федеральная служба по надзору за соблюдением законодательства в сфере массовых коммуникаций и охране культурного наследия;
- Федеральное архивное агентство;
- Федеральное агентство по культуре и кинематографии;
- Федеральное агентство по печати и массовым коммуникациям.
- Министерство образования и науки Российской Федерации:
- Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам;
- Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки;
- Федеральное агентство по науке и инновациям;
- Федеральное агентство по образованию.
- Министерство природных ресурсов Российской Федерации:
- Федеральная служба по надзору в сфере природопользования;
- Федеральное агентство водных ресурсов;
- Федеральное агентство лесного хозяйства;
- Федеральное агентство по недропользованию.
- Министерство промышленности и энергетики Российской Федерации:
- Федеральное агентство по промышленности;
- Федеральное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству;
- Федеральное агентство по техническому регулированию и метрологии;
- Федеральное агентство по энергетике.
- Министерство сельского хозяйства Российской Федерации:
- Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору;
- Федеральное агентство по рыболовству;
- Федеральное агентство по сельскому хозяйству.
- Министерство транспорта Российской Федерации:
- Федеральная служба по надзору в сфере транспорта;
- Федеральное агентство воздушного транспорта;
- Федеральное дорожное агентство;
- Федеральное агентство железнодорожного транспорта;
- Федеральное агентство морского и речного транспорта;
- Федеральное агентство геодезии и картографии.
- Министерство информационных технологий и связи Российской Федерации:
- Федеральная служба по надзору в сфере связи;
- Федеральное агентство по информационным технологиям;
- Федеральное агентство связи.
- Министерство финансов Российской Федерации:
- Федеральная налоговая служба;
- Федеральная служба страхового надзора;
- Федеральная служба финансово-бюджетного надзора;
- Федеральная служба по финансовому мониторингу;
- Федеральное казначейство (федеральная служба).
- Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации:
- Федеральная таможенная служба;
- Федеральное агентство по государственным резервам;
- Федеральное агентство кадастра объектов недвижимости;
- Федеральное агентство по управлению федеральным имуществом.
3. Федеральные службы и федеральные агентства, руководство которыми осуществляет Правительство Российской Федерации:
- Федеральная антимонопольная служба;
- Федеральная служба по тарифам;
- Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды;
- Федеральная служба государственной статистики;
- Федеральная служба по финансовым рынкам;
- Федеральная служба по экономическому, технологическому и атомному надзору;
- Федеральное агентство по атомной энергии;
- Федеральное космическое агентство.
Изменения структуры органов исполнительной власти Российской Федерации произведено в соответствии с Конституцией РФ и Федеральным конституционным законом «О Правительстве Российской Федерации» в целях совершенствования структуры федеральных органов исполнительной власти.